Honey Lee sinh ra trong gia đình có một chị gái và một em trai. Cô theo học trung học Gugak National High School (국립국악고등학교), tốt nghiệp cử nhân và cao học ngành Âm nhạc dân tộc tại Đại học Quốc gia Seoul.

Cha cô, Lee Sang-eob là quan chức cấp cao của Cơ quan Tình báo quốc gia Hàn Quốc,[3] còn mẹ là bà Moon Jae-suk, nhận bằng Tiến sĩ ngành Lịch sử âm nhạc Hàn Quốc và là giáo sư tại Đại học Nữ giới Ewha, với những màn trình diễn độc đáo, dẫn đầu nhóm trình diễn nhạc cụ dân tộc truyền thống Gayagum, được chỉ định danh hiệu "Human Cultural Asset" thứ 23 tại Hàn Quốc nhờ những kỹ năng âm nhạc tuyệt vời của bản thân.[4] Bà cũng là giám đốc âm nhạc của dàn nhạc Gayageum thành phố Gimhae, được dàn nhạc Yegahoe ủy thác sang gặp các sinh viên nhận học bổng tại Đại học New York từ năm 2008 đến 2009. Anh ruột của bà là chính trị gia Moon Hee-sang, hiện là đặc phái viên được tổng thống Hàn Quốc Moon Jae-in tại Nhật Bản.

Chị gái Lee Seul-gi cũng tốt nghiệp cử nhân ngành âm nhạc dân tộc Hàn Quốc tại Đại học Quốc gia Seoul. Chị gái cô đã ra mắt 3 album kể từ năm 2005 ― "The Song of String," "In the Green Cafe?" và "Blossom." Chị gái là thành viên của dàn nhạc truyền thống Hàn quốc của đài KBS và được Viện nghiên cứu Âm nhạc truyền thống Quốc gia của Hàn Quốc tặng Giải thưởng của Tổng thống. Hiện tại là nghiên cứu sinh bậc tiến sĩ về âm nhạc cổ điển Hàn Quốc tại Đại học Quốc gia Seoul.

Chị gái của Honey Lee đã trình diễn tại nhiều địa điểm như Trung tâm Biểu diễn Nghệ thuật Sejong, KBS Hall, Đại học California, Los Angeles và Carnegie Hall.

Honey Lee cũng là người chơi đàn gayageum chuyên nghiệp, được Trung tâm nghệ thuật Kumho ca ngợi là thần đồng gayageum. Cô cho ra mắt 4 CD và đã biểu diễn tại hơn 25 quốc gia trên toàn thế giới, trong đó có các buổi hòa nhạc tại Carnegie Hall ở thành phố New York.[5] Cô từng có các hoạt động tình nguyện cho các tổ chức UNICEF, Compassion, World Vision và đại sứ thiện chí cho Beautiful Mind Charity and Korea Green Foundation.[6] Honey Lee cũng đạt một đại đen hạng 3 môn Taekwondo, ngoài ra còn có môn lặn khí nén và trượt tuyết.[5]